De kerk van Agia Anna is een belangrijke vroegchristelijke basiliek op de acropolis van het oude Eleutherna, vlakbij het dorp Margarites in Rethymno, Kreta. Deze kerk, gebouwd rond de 6e eeuw na Christus, is een voorbeeld van de architectonische en religieuze overgang van de regio van heidendom naar christendom. De basiliek, gebouwd bovenop de overblijfselen van een eerdere Archaïsche tempel, onderstreept de continuïteit van heilige ruimten in Eleutherna. De site bevat een tetraconch hal en bijbehorende structuren, wat de rol als centrale plaats van aanbidding aangeeft. Archeologische vondsten, zoals fragmenten van sluitingsplaten en kerkelijk vaatwerk, benadrukken de religieuze betekenis. De basiliek bleef actief tot de 7e eeuw, waarna het verval intrad. In de daaropvolgende fasen werd een eenvoudigere kerk met één beuk gebouwd, wat veranderingen in de behoeften en middelen van de gemeenschap weerspiegelde. Artefacten uit de 11e tot 13e eeuw suggereren voortgezet gebruik en verbindingen met bredere Byzantijnse regio`s, waaronder Constantinopel en Italië. Vandaag de dag kunnen bezoekers de ruïnes van Agia Anna verkennen als onderdeel van de archeologische site van Eleutherna en zo inzicht krijgen in de rijke historische geschiedenis van de regio.
