De Margaritsano-kloof in de prefectuur Rethymnon ligt vlakbij het dorp Margarites en op ongeveer 30 km van Rethymno. De Margaritsano-kloof is gevormd uit 8-10 miljoen jaar oude kalkstenen rotsen als gevolg van de geleidelijke opwaartse beweging van het hele gebied en watererosie. De kloof is rijk aan een grote verscheidenheid aan fauna en flora, zoals cipressen, lage struiken, wilde bloemen en aromatische planten.
