Het Archeologisch Museum van Rethymno ligt in het hart van de oude stad en is gehuisvest in de historische 16e-eeuwse kerk van Sint Franciscus. De collectie van het museum strekt zich uit van het Paleolithicum tot de Venetiaanse periode en toont artefacten zoals aardewerk, gereedschappen, beeldjes, sieraden en beeldhouwwerken. Deze tentoonstellingen geven inzicht in de rijke culturele geschiedenis van de regio Rethymno.
