Die Margaritsano-Schlucht in der Präfektur Rethymnon befindet sich in der Nähe des Dorfes Margarites und ist etwa 30 km von Rethymno entfernt. Die Margaritsano-Schlucht, die durch die allmähliche Hebung des gesamten Gebiets und durch Wassererosion aus 8-10 Millionen Jahre alten Kalksteinfelsen entstanden ist, beherbergt eine vielfältige Fauna und Flora, darunter Zypressen, niedrige Sträucher, Wildblumen und aromatische Pflanzen.
