Η Εκκλησία της Αγίας Άννας αποτελεί σημαντική παλαιοχριστιανική βασιλική που βρίσκεται στην ακρόπολη της αρχαίας Ελεύθερνας, κοντά στο χωριό Μαργαρίτες στο Ρέθυμνο της Κρήτης. Κατασκευάστηκε γύρω στον 6ο αιώνα μ.Χ., αντικατοπτρίζοντας τη μετάβαση της περιοχής από τον παγανισμό στον Χριστιανισμό. geotour.grΗ βασιλική ανεγέρθηκε πάνω στα ερείπια ενός αρχαϊκού ναού, υπογραμμίζοντας τη συνέχεια των ιερών χώρων στην Ελεύθερνα. Το συγκρότημα περιλαμβάνει τετρακόγχη αίθουσα και συναφή κτίσματα, υποδηλώνοντας τον κεντρικό του ρόλο στη λατρεία.
Αρχαιολογικά ευρήματα, όπως θραύσματα μαρμάρινων κιγκλιδωμάτων και εκκλησιαστικά σκεύη, αναδεικνύουν τη θρησκευτική του σημασία. geotour.grΗ βασιλική παρέμεινε ενεργή μέχρι τον 7ο αιώνα, οπότε και σημειώθηκε παρακμή.
Σε μεταγενέστερες φάσεις, κατασκευάστηκε απλούστερος μονόχωρος ναός, αντανακλώντας τις μεταβαλλόμενες ανάγκες και πόρους της κοινότητας. Ευρήματα από τον 11ο έως τον 13ο αιώνα υποδηλώνουν συνεχιζόμενη χρήση και συνδέσεις με ευρύτερες βυζαντινές περιοχές, όπως η Κωνσταντινούπολη και η Ιταλία.
Σήμερα, οι επισκέπτες μπορούν να εξερευνήσουν τα ερείπια της Αγίας Άννας ως μέρος του αρχαιολογικού χώρου της Ελεύθερνας, αποκτώντας πολύτιμες γνώσεις για την πλούσια ιστορία της περιοχής.